Autismigeeniä kartoittamassa: Tarina insinöörityöni valmistumisesta

, , Kommentointi suljettu.

Ihmisen kromosomisto, in situ-hybridisaatio telomeerikoettimilla.   Kuva on otettu fluoresenssimikroskopilla, kromosomien taustaväri on  sininen, telomeerikoettimet ovat kiinnittyneet kromosomien päihin ja  näkyvät punaisina pisteinä. Kuva ja kuvateksti minavain.

Ihmisen kromosomisto, in situ-hybridisaatio telomeerikoettimilla. Kuva on otettu fluoresenssimikroskopilla, kromosomien taustaväri on sininen, telomeerikoettimet ovat kiinnittyneet kromosomien päihin ja näkyvät punaisina pisteinä. Kuva ja kuvateksti minavain.

Kunpa aina opiskella voisin…

Opiskelin EVTEK-ammattikorkeakoulussa, jonka nimi vaihtui syksyllä 2008
Metropoliaksi. Siellä opiskelin bio- ja elintarviketekniikan
koulutusohjelmassa tutkimus- ja tuotekehityspainotteisesti. Aloitin opinnot
syksyllä 2004 ja suoriuduin opinnoistani jouhevasti, sillä pidän opiskelusta,
ja se on jo yksinään riittävä motivaatio minulle.

Ammattikorkeakoulussa opiskelu on strukturoitua, ja valittavaksi jää vain
suuntautuminen, jonka jälkeen suuntautumisen vaatimat kurssit ovatkin taas
valmiiksi tarjolla sopivasti annosteltuna.  Jos siis pitää valmiista
opintopaketeista, niin ammattikorkeakoulu on juuri oikea paikka opiskella.
Suuntautumisvaihtoehdot tuossa koulutusohjelmassa olivat tuotannollinen tai
tutkimus ja tuotekehitys, joka vielä jakautui laatu- ja ympäristöpuoleen sekä
biotekniikan uusiin sovelluksiin, mikä käytännössä tarkoittaa geenitekniikkaa
yms. Itse opiskelin niitä uusia sovelluksia.

Kaikki sujui kohdallani aivan nappiin siihen saakka, kunnes tuli aika hankkia
työharjoittelupaikka. Ammattikorkeassa joutui itse etsimään harjoittelupaikan,
siihen ei koululta apuja herunut. En tiedä, ovatko Metropoliassa mahdollisesti
käytännöt muuttuneet. Kovat ovat paineet koululla saada valmistuneita, sillä
kun aloitin opinnot, oli työharjoittelun keston vaatimuksena yksi vuosi, joka
sitten kutistui viiteen kuukauteen. Nykyään harjoittelu pitää suorittaa
kokonaan omalla ajalla eli kesälomilla. En sitten kovasta yrityksestä
huolimatta saanut harjoittelupaikkaa kolmannen vuoden kevääksi, mutta en
lannistunut siitä, vaan suoritin viimeisen vuoden kevään kurssit.

Seuraavana syksynä oli taas edessä harjoittelupaikan haku, ja tasan yhdestä
paikasta tuli vastaus, jonne sitten pääsinkin haastatteluun, joka oli pelkkä
muodollisuus, sillä työnantaja oli jo päättänyt ottaa minut sinne
harjoittelijaksi ansioluetteloni perusteella. Ansioluettelostani kuulemma
näkyi, että etenen elämässäni tasaisesti eteenpäin, sen sijaan
työhakemuksestani hän ei puhunut mitään. Pääsin siis harjoittelijaksi
tutkimusryhmään, jossa tutkittiin mm. autismin kirjon ehdokasgeenejä
suomalaisessa väestössä, ja tuosta aiheesta tein insinöörityöni.

Miehen kromosomit, in situ hybridisaatio sentromeerialueen   koettimilla, fluoresenssimikroskooppikuva:  X-kromosomin   sentromeerialue punainen, Y-kromosomin sentromeerialue vihreä   (kurssilaisten tekemä preparaatti). (Kuva ja teksti: minavain)

Miehen kromosomit, in situ hybridisaatio sentromeerialueen koettimilla, fluoresenssimikroskooppikuva: X-kromosomin sentromeerialue punainen, Y-kromosomin sentromeerialue vihreä (kurssilaisten tekemä preparaatti). (Kuva ja teksti: minavain)


Insinöörityö, tuo ikuisuudelta tuntunut projekti

Aloitin insinöörityöni etsimällä lähdemateriaalia lähinnä julkisesta
tietokannasta, josta voi hakea geenitutkimuksiin liittyviä artikkeleja. En
hirveän tarkasti ensin edes lukenut artikkeleja, vaan keräsin autismin kirjoon
ja pakko-oireisiin assosioituvaan geeniin liittyviä artikkeleita ihan
otsikoiden perusteella. Koko ajan minulla olivat myös meneillään työt siellä
laboratoriossa. Insinöörityön rakenteelle on selkeät ohjeet, ja se jo auttoi
hahmottamaan mielessäni rungon. Insinöörityön runko käsittää tiivistelmät,
johdannon, teorian, materiaalit ja menetelmät, tulokset ja yhteenvedon.

Päätin heti alkuun keskittyä yhteen asiaan kerralla, ja ensimmäiseksi aloitin
teoriaosuudesta. Teorian on tarkoitus alussa esittää yleisellä tasolla
asioita, jotka liittyvät tutkimukseen. Loppua kohden teoria kulminoituu
täsmälleen niihin asioihin, joita tutkitaan. Teoriaosio on siis muodoltaan
alaspäin kapeneva kolmio. Tutkimukseeni liittyviä aiheita olivat tietenkin
pakko-oireet, autismin kirjo, genomin kartoitus ja autismin kirjon
ehdokaskromosomit ja -geenit ja sitten tietenkin se pakko-oireisiin
assosioituva geeni. Tuossa järjestyksessä aloinkin sitten kirjoittaa teoriaa.

Aloitin pakko-oireista ja minulla oli ihan vimma löytää edes yksi
pakko-oireita käsittelevä artikkeli, jossa mainitaan autismin kirjo, koska en
ihan heti ymmärtänyt, että mitä yhteistä näillä kahdella tilalla oikein on.
Sain vastauksen tivattua paljon myöhemmin erikseen sähköpostitse ja siltikään
minua ei vakuuttanut se, että pakkotoiminnot olisivat näissä kahdessa tilassa
jotenkin sama asia. Onneksi sellainen artikkeli löytyi, jossa käsiteltiin
yhdessä pakko-oireita ja autismin kirjoa nuorilla. Aina kun sain yhden
aihealueen kirjoitettua, lähetin sen työpaikan inssityön ohjaajalle
tarkistettavaksi, että asiasisältö oli kohdallaan. Odotin aina kommenttia
korjauksineen, ennen kuin aloin kirjoittaa seuraavaa aihetta. Näin minun ei
enää tarvinnut palata aiempaan aiheeseen, vaan se oli valmis ja saatoin
keskittyä seuraavaan, hidas mutta varma menetelmä.

Oli oma taiteenlajinsa esittää asiat pakko-oireista ja autismin kirjosta
siten, etteivät ne olleet ihan kaavamaisia kuivia määritelmiä kuin suoraan
jostain diagnostisista manuaaleista. Esityksen piti olla ennen kaikkea
insinöörityöhön sopiva eli kypsä muttei liian lääketieteellinen. Kaikki
mainitut asiat piti löytyä viitatuista lähteistä, eli varaa sooloiluun ei
ollut. Sooloilin minä kuitenkin aspergerin kohdalla. Olin lukenut niin
sanotuista epävirallisista lähteistä, että asperger todennäköisesti ilmenee
naisilla eri tavoin kuin miehillä ja siksi naiset ovat alidiagnosoituja.
Pidin tärkeänä saada tuon mainittua työssäni ja kyselin asiasta inssityön
ohjaajalta, joka vastasi asian olevan juuri niin. Minulle ei kuitenkaan
riittänyt pelkästään tuo sähköpostivastaus, vaan etsin artikkeleista
pienintäkin vihjettä siihen suuntaan. Löysin sitten lopulta yhden, joka sopi
riittävän hyvin. Minulla oli sellainen vähintään kahden lähteen periaate, eli
jotain väitettä tukemaan piti löytyä vähintään kaksi lähdettä, ellei jokin
lähde ollut ihan ehdottoman autenttinen yksinään. Kehno englanninkielen
taitoni oli selkeä rasite, kaikki artikkelit ja väitöstyöt olivat aina
englanniksi, ja pelkkä lukeminen oli jo uuvuttavaa.

Selkeästi vaikein aihe oli autismin kirjon ehdokaskromosomit ja -geenit. Niitä
oli tuhottomasti ja monista oli vain maininta tai vaihtoehtoisesti monen
artikkelin verran asiaa, eli asiat eri kromosomeista ja geeneistä oli esitetty
eri lähteissä niin epäyhtenevästi, että oli vaikea löytää kaikille yhteistä
tyyliä esitellä ne. Eikä sitä yhteistä tyyliä sitten tullutkaan, vaan
esittelin joitain geenejä seikkaperäisemmin kuin toisia. Sen verran selkeytin
esitystä, että käsittelin aina yhtä kromosomia ja siinä olevia ehdokasgeenejä
kerrallaan. Painotin geenien esitystä sen mukaan, missä lähteissä ne oli
esitetty, tyyliin artikkeli vai väitöstyö, tai sen mukaan, oliko tietystä
geenistä useampi artikkeli.

Teoriaosioon sisältyvien aiheiden lukemiseen ja kirjoittamiseen minulla meni
puoli vuotta. Kirjoitin yleensä viikonloppuisin ja vapaapäivinä. Joskus otin
viikon kirjoitusvapaan töistä, mutta en ole ihan varma siitä, oliko se
minulle tehokkain menetelmä kirjoittaa. Tuolloin pyrin kyllä työskentelemään
päivittäin, mutta omassa rauhassa oleminen sai kyllä mietteet usein muualle,
joten sitä tehokasta aikaa ei sitten päivän aikana kertynyt kovinkaan paljon.
Olin kuitenkin armollinen itselleni enkä asettanut mitään tiukkoja
aikatauluja.  Pääasia oli, että päivän aikana työskentelin edes hetken.
Lukemiseen kului selkeästi eniten aikaa, koska luettavana oli monta samaa
aihetta käsittelevää artikkelia ja väitöstyötä, ja kaikista niistä piti pystyä
koostamaan jokin yhtenäinen kuva, esim. genomin kartoituksesta ja siihen
liittyvistä menetelmistä, joista sitten kirjoitin.

Miehen kromosomisto, G-raidoitettu. - Itseasiassa kuva oli mustavalkoinen, mutta värkorjauksella palautin sen sen väriseksi kuin se näkyy mikroskoopissa (Giemsa-värjäys) (Kuva ja teksti minavain)

Miehen kromosomisto, G-raidoitettu. - Itseasiassa kuva oli mustavalkoinen, mutta värkorjauksella palautin sen sen väriseksi kuin se näkyy mikroskoopissa (Giemsa-värjäys) (Kuva ja teksti minavain)

Insinöörityössäni oli tarkoitus selvittää, assosioituuko pakko-oireisiin
assosioituva geeni SLC1A1 autismin kirjoon, koska autismin kirjossa ja
pakko-oireissa esiintyy pakkotoimintoja ja lisäksi tuo geeni sijaitsee
kromosomissa 9, hyvin lähellä geeniä JMJD2C, joka assosioitui autismin kirjoon
aiemmassa laajassa autismin kirjon riskigeenien kartoitusprojektissa.
Assosioitumisella tarkoitetaan sitä, että jokin tietty emäsvaihtoehto
(alleeli) tietyssä kohdassa DNA:ta esiintyy yhdessä jonkin sairauden ilmiasun
kanssa useammin kuin odotetaan, eli assosioituminen määritellään tilastollisin
menetelmin. SLC1A1-geeni koodaa proteiinia, joka toimii synapseissa
glutamaatin eli keskushermostoa kiihdyttävän välittäjäaineen takaisinkerääjänä
synapsiraosta. Proteiini sijaitsee synapsien solukalvolla ja imuroi
glutamaattia takaisin solun sisään sähköiseen varaukseen perustuen.
JMJD2C-geeni koodaa proteiinia, jota esiintyy jokaisessa tumassa, jossa se
suoraan säätelee geenin luentaa kromosomeissa. Tämä geeni tunnetaan parhaiten
syöpien synnyn yhteydessä.

Aivan alussa olin siinä käsityksessä, että tutkimukseni sisältäisi vain
SLC1A1-geenin, mutta jotenkin myöhemmin mukaan ujuttautui tuo JMJD2C-geenikin,
josta haluttiin nähdä, assosioituuko se autismin kirjoon myös
suomalaisilla. Jonkin verran minua ärsytti tuon geenin lisääminen työhöni,
koska olin jo täysin asennoitunut siihen, että tutkisin vain sitä yhtä geeniä.
On kai aika yleistä, että insinöörityön kuva saattaa muuttua montakin kertaa
valmistumisen aikana, joten minulla kävi tuuri, kun siihen tuli vain yksi
muutos. Jouduin ihan erikseen kysymään työni tarkoituksen, koska itse en siitä
saanut muodostettua järkevää kuvaa.

Materiaaleista ja menetelmistä oli suhteellisen vaikea kirjoittaa, vaikka
pidin työskennellessäni laboratoriotyökirjaa, joka on ihan pakollinen
käytäntö. Työni oli DNA-tason laboratoriotyöskentelyä, joka sisälsi DNA:n
eristyksen, monistuksen, geeliajon, sekvensointiin tarvittavat reaktiot ja
sekvenssin luvun. Sorruin sellaiseen virheeseen kirjoittamisessa, että
alennuin aiemmasta insinööritasosta laborantin tasolle, ja minulla olikin
melkoinen miettiminen, kuinka voi selostaa tuota osiota yleisellä
tasolla ja samalla kuitenkin tarkasti. Monta kertaa sain huomautuksen siitä,
että kirjoitan liian yksityiskohtaisesti. Mielestäni oli jotenkin
ristiriitaista kertoa työskentelystään kertomatta siitä kuitenkaan mitään.

Vielä pahemmin meni tulososion kanssa, jossa taas nyhräsin yksityiskohtien
kimpussa. Minusta oli oleellista kertoa kaikenlaisista vaiheista ja niihin
liittyvistä virheistä. Tein seikkaperäistä selostusta esim. siitä, miksi
jouduin suorittamaan monistuksen uudestaan ja kaikenlaisista muista vaiheista.
Käsitykseni tuloksien selostamisesta oli se, että voin kirjoittaa hyvin
yksityiskohtaisesti, jos vain mainitsen käyttämäni työmenetelmät selostamatta
kuitenkaan enää niitä, sillä olin tehnyt sen menetelmätosiossa. Eihän se
kelvannut. Vaikka insinöörityöohjeissa sanotaan, että tulososiossa selostetaan
seikkaperäisesti erilaisia vaiheita ja niiden tuloksia virheineen, niin
ainakaan minun kohdallani sitä ei sallittu. Ilmeisesti taitoni eivät vain
riittäneet esittämään tuota tapahtumarikasta osiota riittävän
insinöörimäisesti, ja jouduin lopulta asian kanssa umpikujaan. Päätin sitten
tehdä tuloksista steriilin selostuksen, jossa etenin suoraviivaisesti
tuloksiin ilman mainintaa niistä tapahtumista, mitä työhöni oikeasti liittyi.
Lisäksi olin viehättynyt sellaisien taulukoiden tekemiseen, joihin sain
survottua pieneen tilaan mahdollisimman paljon tietoa. Sellaiset taulukot
eivät kuitenkaan miellyttäneet kouluni inssityön ohjaajaa, ja päädyinkin
sitten esittämään kaikki mahdolliset tulokset pylväsdiagrammeina ja palkkeina.
Tulihan niistä kuvista kieltämättä selkeämmät ja kauniimmatkin, ne olivat
ohjaajani mielestä suorastaan upeita.

Tuloksena oli se, että se pakko-oireisiin assosioituva geeni ei sitten
assosioitunut autismin kirjoon, minkä kyllä jo arvasin etukäteenkin. Sen
sijaan se toinen geeni assosioitui myös suomalaisissa. En sitten osannut
kuulemma hehkuttaa tuloksia riittävän hyvin. En tietenkään hehkuttanut, sillä
en näe mitään erityistä hehkuttamista siinä, että joku geeni assosioituu. Se,
että joku geeni ei assosioidu, on minusta ihan yhtä tärkeä tieto. Minun olisi
pitänyt kuulemma nostaa esille se assosioitunut geeni vaikka tulos oli
jotakuinkin hölmistyttävä, sillä näyttäisi siltä, että tuon JMJD2C-geenin
yleisempi alleeli esiintyy useammin autismin kirjolaisilla kuin verrokeilla.
Jotenkin tuo tulos pisti hieman miettimään tuon assosiaatiotutkimuksen
mielekkyyttä, sitä kun odottaa aina jotain mutaatiota. Voi olla, että tuo
assosiaatiotutkimus on ainakin osittain tilastollisten menetelmien vääristymää
tai sitten autismin kirjo tosiaan syntyy toisinaan vain epäsuotuisista
alleeliyhdistelmistä eikä aina mutaatioista tai geenivirheistä.

Lopuksi sanon, että insinöörityön tekeminen vaatii nöyryyttä. Umpimielisellä
asenteella ei pääse pitkälle. On vain siedettävä sitä, että joutuu uudelleen
ja uudelleen korjaamaan tekstiään. Käytännöllisesti katsottuna on järkevintä
suostua niihin korjausehdotuksiin, joita ohjaaja antaa. Ohjaaja on
ammattilainen, ja pitää vain luottaa siihen, että hän ajattelee oppilaan
parasta. Näin ei ehkä saa toivomaansa tulosta, mutta siten saa sen työn joskus
valmiiksikin. On pakko oppia hyväksymään se, ettei välttämättä itse ole
riittävän taitava selittämään asioita vaaditulla tasolla ja sitten pitää vain
tyytyä suoraviivaisempaan esitykseen. Minulla meni reilu vuoden päivät tuon
työn tekemiseen, tuloksena 50 sivua lähteineen. Lahjoitin yhden kappaleen
Autismiliiton kirjastoon, jos jotakuta kiinnostaa lukea se.

Kirjaston lisäksi opinnäytetyö löytyy myös netistä. Klikkaa tätä lausetta päästäksesi lukemaan sitä.